Опишу в этой статье как у меня происходит процесс создания модулей и работы с кодом. 

ОС

В качестве платформы для разработки я использую Linux, а именно Fedora 20. Уже наверное лет 5 использую в качестве единственной ОС - Linux, очень доволен. Это особенно важно для веб-разработчика, так как имеешь у себя не урезанный Денвер, а полноценный веб сервер.

IDE, редактор кода

Для работы с кодом я использую NetBeans IDE 8.0. Он бесплатный, есть версия для Linux, он экономит огромное к-во времени при разработке, так как имеет довольно большой функционал от подсветки кода до работы с git из редактора. 

Система контроля версий

В качестве системы контроля версий я использую git. На сегодняшний день это мировой лидер среди систем контроля версий. 

Работа с git более детально.

Удобное руководство по git - http://githowto.com/

Для удобства созданы алиасы на все все частые команды, например вместо git branch - git br, вместо git checkout - git ch итд.

У меня есть 2 типа репозиториев:

1. Репозитории для модулей.

- ветка master у меня пустая, там всего 2 файла git для настроек: .gitattributes, .gitignore

- для каждого модуля отдельный репозиторий, например search_suggestion, search_mr, product_statuses итд.

- если нужно создать отдельную версию модуля для отдельной версии движка, например для opencart 1.5.3.1, то создается отдельная ветка opencart1531

- если нужно создать новый функционал, что-то потестить, попробовать, то создается новая ветка, например opencart1531-new_feature, после создания этот новый функционал переноситься в основную ветку через git merge, ветка удаляется 

- если новый функционал нужно перенести в другую ветку, то это можно сделать с помощью git cherry-pick - копируется коммит в другую ветку 

2. Репозитории для версий opencart сборок.

- называются по названию версий, сборок: opencart1564, ocstore1551 итд.

- ветка master всегда содержит чистый движок с установленным vqmod

- для каждого модуля отдельная ветка

- если нужно перенести новый функционал с репозитория движка в репозиторий модуля, то для этого использую Как скопировать все измененные файлы из последнего коммита в git

Удаленный репозиторий

В качестве удаленного репозитория использую https://bitbucket.org

Он имеет возможность размещать приватный репозитории бесплатно. Это удобно, так во-первых есть копия всего кода на случай ЧП (сгорел винт, украли ноутбук) + доступ к коду имеется с любого места.